1. Ban Giám đốc công ty:
Đặng Anh Minh – Chủ tịch kiêm Giám đốc Công t

2. Các phòng chuyên môn
–   Tổ chức – Hành chính
–   Kế hoạch – Kỹ thuật
–   Tài vụ
–   Quản lý nước và Công trình

3. Các xí nghiệp, trạm trực thuộc

    –   Xí nghiệp thủy lợi Vân Trục

    –   Xí nghiệp thủy lợi Quang Sơn

    –   Xí nghiệp thủy lợi Cao Phong

    –   Xí nghiệp thủy lợi Then

    –   Xí nghiệp thủy lợi Suối Sải

    –   Xí nghiệp thủy lợi Bò Lạc

    –   Trạm Sửa chữa – cơ điện.